如何通過(guò)熒光酶標(biāo)儀實(shí)現(xiàn)SNP基因分型檢測(cè)

基因分型是將個(gè)體目標(biāo)DNA序列與另一個(gè)體的DNA序列或參考序列進(jìn)行比較來(lái)確定個(gè)體的基因型差異的過(guò)程。單核苷酸多態(tài)性（SNP）是指基因組水平上由單個(gè)核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性，SNP作為第三代分子標(biāo)記，廣泛用于多物種的基因型鑒定，是研究人類家族和動(dòng)植物品系遺傳變異的重要依據(jù)，因此被廣泛用于群體遺傳學(xué)研究和疾病相關(guān)基因的研究，在藥物基因組學(xué)、診斷學(xué)和生物醫(yī)學(xué)研究中起重要作用。

2024-06-12 15:56:32南京辰雨凡麗商貿(mào)有限公司26

前言

TaqMan探針是一種雙標(biāo)記、自淬滅的水解探針，在PCR反應(yīng)中加入兩條兩端帶有不同熒光標(biāo)記的特異探針來(lái)識(shí)別不同的等位基因。TaqMan SNP基因分型分析都包括兩種等位基因特異性TaqMan MGB探針，含有不同的熒光染料和一對(duì)PCR引物對(duì)以檢測(cè)特定的SNP靶標(biāo)。

我們將使用已知DNA樣品進(jìn)行SNP實(shí)驗(yàn)，對(duì)比PCR產(chǎn)物在熒光定量PCR儀與熒光酶標(biāo)儀上的基因型。

實(shí) 驗(yàn) 材料

試劑盒

人ALDH2基因多態(tài)性檢測(cè)試劑盒（rs671）

貨號(hào)：FYG-rs671

儀器

基因擴(kuò)增儀、奧盛 Feyond-F100熒光酶標(biāo)儀

PCR管

白色PCR八聯(lián)管貨號(hào)：Roche 6612601001

實(shí) 驗(yàn) 方法

共驗(yàn)證28個(gè)已知樣品，包括24個(gè)DNA樣品和4個(gè)無(wú)模板對(duì)照（NTC）。

將等位基因AA、等位基因GG與等位基因AG分別按1:100、1:500、1:1000進(jìn)行稀釋，作為未知樣品。

樣品經(jīng)過(guò)普通PCR擴(kuò)增后，直接將白色PCR八聯(lián)管與管支架，置于熒光酶標(biāo)儀上進(jìn)行檢測(cè)。

PCR擴(kuò)增體系

表1 PCR擴(kuò)增體系（20μL）

成分	體積
RealFAST probe PCR mix	10 μL
Primer&Probe premix	2 μL
ddH2O	6 μL
DNA	2 μL
總計(jì)	20 μL

PCR儀器參數(shù)設(shè)置

表2 PCR反應(yīng)條件

步驟	溫度	時(shí)間	循環(huán)數(shù)
預(yù)變性	95 ℃	5 min	1
變性	95 ℃	10 sec	40
退火/延伸	60 ℃	30 sec	40
低溫保存	4 ℃	∞	1

熒光酶標(biāo)儀參數(shù)設(shè)置

表3 酶標(biāo)儀檢測(cè)參數(shù)

檢測(cè)模式	熒光
檢測(cè)類型	終點(diǎn)法
檢測(cè)波長(zhǎng)	FAM通道 HEX通道
PMT增益	自動(dòng)增益
積分時(shí)間	40 μs

圖1 待測(cè)樣品布局

圖2 直接檢測(cè)PCR產(chǎn)物

實(shí) 驗(yàn) 結(jié) 果

熒光酶標(biāo)儀的檢測(cè)結(jié)果，純合子與雜合子的樣品分布情況，與Roche480的樣品分布情況一致。FAM 純合子位置靠近X軸，HEX純合子位置靠近Y軸，包含F(xiàn)AM和HEX的雜合子所形成的集群在兩個(gè)純合子集群之間。

Feyond-F100熒光酶標(biāo)儀可選配符合SNP基因分型實(shí)驗(yàn)的定制濾光片，獨(dú)立的算法分析軟件可滿足三種基因分型的熒光探測(cè)要求，方便快速的實(shí)現(xiàn)基因集群的數(shù)據(jù)分析，提供直觀的結(jié)果展示。

關(guān)于奧盛

奧盛定位生命科學(xué)工具提供商，專注生命科學(xué)檢測(cè)設(shè)備及自動(dòng)化解決方案。公司圍繞生物樣品核酸蛋白純化、自動(dòng)化工作站，生物吸收光、熒光及發(fā)光檢測(cè)三大技術(shù)平臺(tái)，在生命科學(xué)領(lǐng)域進(jìn)行了深度布局。

目前，公司擁有省級(jí)高新技術(shù)企業(yè)研究院，是2022年第一批浙江省”專精特新”中小企業(yè)。